由於啤酒酵母是屬於高蛋白質的食物，所以當肝臟或腎臟的功能變差時，就必須小心食用，以免攝取過多的蛋白質，增加身體的負擔或使病情惡化。
啤酒酵母中富含核酸，雖然核酸可幫助細胞再生，有抗老化作用，但核酸會在體內轉變成普林，因此高尿酸血症、痛風或腎功能不好的人，在食用前最好先請教醫師或營養師。
如果食用啤酒酵母有胸悶、呼吸困難、喉頭發緊，或皮膚出現紅疹等現象，這可能是對啤酒酵母過敏，此時應停止食用，並且就醫。
酵母菌與念珠菌（candida）同屬黴菌的一種，所以有人建議如果容易有念珠菌感染的人，最好避免食用啤酒酵母。
啤酒酵母是含有高磷且鈣質含量低的食物，因此一歲以下的兒童應避免使用，也不宜
加入乳品中，以免影響鈣/磷（Ca/P）的比值，破壞鈣值的吸收。幼童吃多了，也會影響鈣的吸收，而導致軟骨症。更年期婦女或中老年人等骨質疏鬆症高危險族群，若食用啤酒酵母，最好也搭配一些補充鈣質的食品，以免未蒙其利，先受其害。
嚴重腹瀉的患者，腸黏膜已有受損，如果又食用了還含有活菌的啤酒酵母，則可能引發腸內的發酵反應，使二氧化碳、酒精及其他發酵產物存於腸道中，造成腸道負擔，因此並不適合食用啤酒酵母。
有些抗憂鬱藥物或麻醉藥品可能會與啤酒酵母中的成分作用，所以如有使用此類藥品時，最好先詢問專業醫師才較安全。
一天該吃多少？
國外的文獻中提到，
演唱會.MTV.卡拉OK-DVD健康成年人一天約一茶匙，大概是 6 公克的量；而糖尿病人如果是食用含高鉻的啤酒酵母，則每天吃 9 公克有改善血糖的效果。每天吃二次，每次一茶匙，則可改善粉刺；一天吃二十公克的啤酒酵母，則可能對動脈硬化的患者有益。
無論我們在食用任何保健食品時，都應仔細思考為何而吃？適不適合吃？畢竟過與不及都不是健康飲食之道。整體的考量，尋找專業醫療人員的諮詢與評估，這樣才能真正吃出健康，
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