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Bioperl的介紹

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xyz軟體補給站 魔法24 珍愛人生[hr]
Bioperl是一個基於perl程式語言之上的工具箱,他提供數個不同套件來方便生物學家分析生物資訊的資料。當使用perl分析一些檔案時,透過Bioperl僅需要幾行的程式碼就可以擷取出檔案中的各項資訊,節省一些撰寫基本程式碼的時間。儘管如此,使用Bioperl的時候,開發者仍然要相當熟悉perl語言。越熟悉perl的進階用法以及其他perl模組的搭配,越可以用Bioperl作一些變化。艾利斯魔法在許多已發表的NGS相關分析軟體中,就可以看到Bioperl的蹤影。

功能
Bioperl中的許多功能皆使用物件導向的方式來提供,也就是在使用大多功能時皆需要先建立物件才能取得他的功能。在官方網站可以看到常見的基本用法有:

從檔案或是其他來源建立序列物件,提供序列的統計資料及相關功能。
提供序列註解的物件,用來管理序列和註解之間的關係。
轉譯DNA序列成胺基酸序列,並且可以指定codon table。
在Perl中執行BLAST或其他alignment工具,方便建立pipe line。
建立體積很大的FASTA檔案索引,使Perl可以快速取出所需的序列。
從常見的網路WSDL/SOAP服務(eg. GeneBank, Ensembl)下載genome序列、相關註解或是各網站提供的工具服務。
解析各種程式的輸出檔案,像是BLAST like的搜尋結果、各個基因預測的結果及序列、multi alignment的結果、SAM\BAM等map檔案。
提供類似genome browser的繪圖功能,僅需要餵座標資料給模組,即可畫出基因或是其他feature之間的相對位置及資訊(下圖為wiki上提供的範例)。



安裝

大多Linux版本都有Bioperl的套件(rpm/deb)可以安裝,透過套件管理程式搜尋Bioperl即可安裝。如果Linux本身沒有提供該套件,則可以透過cpan minus來安裝。
在windows安裝Bioperl安裝較不容易,Windows本身缺乏Bioperl所需的相關工具,一般較不推薦

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作者: jahuuhlsg
  (2012-12-13 20:37)
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